В 1990-х годах после обретения суверенитета многие отрасли экономики были приватизированы. Этот процесс активно затронул и нефтегазовую промышленность России.В 1996-1997 годах в целях развития рыночной экономики правительством РФ был реализован план приватизации "Сибнефти". В 1996 году частные инвесторы приобрели на аукционах 49% акционерного капитала "Сибнефти". В 1997 году, в рамках правительственной программы "Акции за кредиты", на аукционе по продаже государственной доли "Сибнефти" победила "Финансовая нефтяная компания".Период с 1998 по 2004 год: хорошая ресурсная база, эффективные мощности по переработке сырья и профессиональное руководство определили высокие темпы развития компании. Руководство "Сибнефти" проделало значительную работу по модернизации производства, внедрению современных технологий и оптимизации бизнес-процессов. Благодаря реализации активной политики по наращиванию активов была значительно расширена география добычи (Томская, Омская области, Чукотский АО) и сбытовая сеть в регионах России (Свердловская область, Тюменская область, Красноярский край, Санкт-Петербург, Москва). Среди крупнейших приобретений компании в этот период – покупка 49,9% акций ОАО "НГК "Славнефть", ведущей добычу нефти и газа на территории Западной Сибири и Красноярского края.